Etyka i autonomia stanowią ważne kwestie w praktyce farmaceuty. W dobie transformacji legislacyjnych i kulturowych zawód aptekarza nadal sytuuje się w fazie przejściowej. Stworzenie aktualnego zobowiązania do postępowania zgodnego z ustaleniami środowiska zawodowego, opublikowanego w formie zasad jako kodeks etyki zawodowej, zostało zaproponowane przez Międzynarodową Federację Farmaceutyczną. Zidentyfikowano kategorie problemów etycznych, doświadczanych przez farmaceutów we wszystkich obszarach ich działań, jako wyzwania etyczne wynikające z osobistych rozważań, ze względów ekonomicznych, relacji międzyludzkich, z systemu lub schematu praktyk zawodowych. Opublikowane kodeksy, jak i ich propozycje przedstawiane do publicznej debaty, ukazują obraz współczesnej farmacji, kierunku profesjonalnych działań oraz relacji interpersonalnych. Dokonywane zmiany sugerują przejście od paternalizmu do partnerskiego modelu szeroko rozumianej współpracy z pacjentem, systemem opieki, kolegami. Promocja autonomii pacjenta i przejrzystość oczekiwań stanowi wyzwanie i zadanie, które wymaga racjonalnego namysłu w kontekście odpowiedzialności i troski o zdrowie człowieka. Na wybranych przykładach europejskich kodeksów etyki aptekarza odczytane zostały priorytety działań współczesnych farmaceutów, wskazujące normy określane jako słuszne i wartości, których ochronie albo osiągnięciu działania te mają służyć. Niekompletność rozpatrywanych kodeksów etyki wyraża się w niejednoznaczności uhierarchizowania zasad oraz nielogiczności niektórych zapisów. Zauważa się wielowątkowość faktycznych konfliktów wartości, rzeczywiście zachodzących problemów moralnych ludzi tego zawodu oraz oczekiwania, jakie wiąże się z umocowaniem prawnym zawartym w kodeksie, będącym integralną częścią ustaw o samorządach zawodowych.