Ontologia formalna w przedstawionym ujęciu jest matematycznym modelowaniem struktur ontologicznych (w tym metafizycznych) takich jak idee, monady, pojęcia, relacja część-całość, sytuacje, światy możliwe, procesy, przedmioty, struktury identyczności, itd. W ontologii formalnej, podobnie jak we współczesnej fizyce matematycznej, powinniśmy wykorzystywać bogate struktury matematyczne. Tak jak świat kwantów w mechanice kwantowej jest skutecznie modelowany przez przestrzenie Hilberta, tak w ontologii formalnej możemy modelować uniwersum światów możliwych w ontologii kombinacyjnej Perzanowskiego przy pomocy nieskończenie wymiarowej kostki Hilberta. Monady mogą być modelowane kategoryjnie (Heller) lub topologicznie (Kaczmarek). Idee są modelowane przez autora przy użyciu n-wymiarowych kategorii (w ujęciu Eilenberga-Mac Lane’a) lub znów topologii (Kaczmarek).  Pojęcie identyczności analizowane jest przy użyciu homotopijnej teorii typów (Awodey, Voevodsky i inni w ramach Univalent Foundations Program).

Wystąpienie jest zatem  zawołaniem:

Ontologu formalny, nie bój się, tylko modeluj swoje struktury wykorzystując bogate struktury matematyczne, w tym zaawansowane struktury algebraiczne i topologiczne. Nawet jeśli Twoje modele są karykaturami, to i tak pozwalają na przeprowadzenie o wiele większej ilości różnic w badanej strukturze, niż standardowe narzędzia metafizyków.